(Theo Điều 3, Quyết định số 1266/QĐ-BTC ngày 29 tháng 7 năm 2019 của Bộ trưởng Bộ Tài chính)

• Văn phòng Cục
• Phòng Chính sách tổng hợp
• Phòng Đổi mới, sắp xếp và phát triển doanh nghiệp
• Phòng Quản lý tài chính doanh nghiệp công nghiệp và thương mại (gọi tắt là Phòng Nghiệp vụ 1)
• Phòng Quản lý tài chính doanh nghiệp giao thông, vận tải và xây dựng (gọi tắt là Phòng Nghiệp vụ 2)
• Phòng Quản lý tài chính doanh nghiệp nông nghiệp, lâm nghiệp, thủy sản và tài nguyên môi trường (gọi tắt là Phòng Nghiệp vụ 3)
• Phòng Quản lý tài chính doanh nghiệp thông tin, truyền thông và dịch vụ khác (gọi tắt là Phòng Nghiệp vụ 4)
• Phòng Quản lý tài chính doanh nghiệp dầu khí, xăng dầu (gọi tắt là Phòng Nghiệp vụ 5)
• Phòng Quản lý tài chính doanh nghiệp đầu tư nước ngoài (gọi tắt là Phòng Nghiệp vụ 6)